Bill och Maskinen utspelar sig i en tid där den överintelligenta teknologin har passerat människans förmågor och därmed förbjudits av regeringen. Bill är programmeringsstudent vid ett universitet och när han introduceras har nyheten om rebellernas motståndsaktion precis gått ut i medierna. Så kallade technopods, till synes vanliga maskiner som smälter in i samhället - bankomater, godis- och läskautomater, spelmaskiner och liknande, agerar livmoder åt ett teknologiskt liv på insidan. För att maskinen ska öppnas och släppa fri technoindividen, behöver levnadsinformation programmeras genom maskinen och in i individen.

Bills universitetskamrater hånar nyheten och pratar högt om att "krossa stålskallarna", medan Bill verkar relativt oberörd av nyheten.

En kväll när Bill är på väg hem från en fest, går han genom skogen och mitt i ett skogsbryn står en gammal läskautomat och lyser. Han känner fort en märklig dragning till det olagliga och bestämmer sig fort för att försöka programmera individen och få ut den. Genom processen lär han känna sig själv och börjar långsamt inse sanningen - att han kanske inte bara är mänsklig själv. Så småningom kommer det ut vad Bill gjort och en häxjakt påbörjas med mål att krossa både Bill och technoindividen.

Filmen har metaforiska jämförelser med flyktingrelaterade frågor och är tänkt att kritisera konceptet av att människor föds i en värld där de inte är välkomna och tvingas fly för den de är.